rdkit

概览

d13/u24/el10 rdkit build by pigsty, u24/el10 deps on inchi

版本

构建

您可以使用 pig build 命令构建 rdkit 扩展的 RPM / DEB 包：

pig build pkg rdkit         # 构建 RPM / DEB 包

安装

您可以直接安装 rdkit 扩展包的预置二进制包，首先确保 PGDG 和 PIGSTY 仓库已经添加并启用：

pig repo add pgsql -u          # 添加仓库并更新缓存

使用 pig 或者是 apt/yum/dnf 安装扩展：

• 安装
• pig
• dnf
• apt

pig install rdkit;          # 当前活跃 PG 版本安装

pig ext install -y rdkit -v 18  # PG 18
pig ext install -y rdkit -v 17  # PG 17
pig ext install -y rdkit -v 16  # PG 16
pig ext install -y rdkit -v 15  # PG 15
pig ext install -y rdkit -v 14  # PG 14

dnf install -y rdkit_18       # PG 18
dnf install -y rdkit_17       # PG 17
dnf install -y rdkit_16       # PG 16
dnf install -y rdkit_15       # PG 15
dnf install -y rdkit_14       # PG 14

apt install -y postgresql-18-rdkit   # PG 18
apt install -y postgresql-17-rdkit   # PG 17
apt install -y postgresql-16-rdkit   # PG 16
apt install -y postgresql-15-rdkit   # PG 15
apt install -y postgresql-14-rdkit   # PG 14

创建扩展：

CREATE EXTENSION rdkit;

用法

来源: GitHub README, Cartridge 文档, 项目网站 RDKit 提供 PostgreSQL 的化学信息学 cartridge，用于分子存储、检索、指纹和描述符计算。

CREATE EXTENSION rdkit;

该 cartridge 增加了分子类型和运算符，支持子结构搜索、精确匹配、相似性搜索、指纹生成以及大量描述符函数。

核心类型

• mol 用于分子和查询分子值。
• bfp 用于位向量指纹。
• sfp 用于稀疏计数指纹。

搜索操作符

• @> 判断右侧分子是否为左侧分子的子结构。
• <@ 执行反向子结构判断。
• @= 判断分子是否完全相等。
• # 是 Dice 相似度阈值操作符。
• <%> 支持 Tanimoto KNN 搜索。
• <#> 支持 Dice KNN 搜索。

指纹

• morgan_fp 和 morganbv_fp 用于 Morgan 指纹。
• featmorgan_fp 和 featmorganbv_fp 用于基于特征的 Morgan 指纹。
• rdkit_fp 用于哈希化 RDKit 指纹。
• atompair_fp、atompairbv_fp、torsion_fp 和 torsionbv_fp。
• layered_fp 和 maccs_fp。

描述符示例

SELECT is_valid_smiles('c1ccccc1');
SELECT tanimoto_sml(morganbv_fp('c1ccccc1'::mol), morganbv_fp('c1ccccc1O'::mol));
SELECT mol_amw('c1ccccc1'::mol);
SELECT mol_hba('c1ccccc1O'::mol);
SELECT mol_numrings('c1ccccc1'::mol);

说明

• 文档还描述了更多分子校验辅助函数，例如 is_valid_smiles、is_valid_ctab 和 is_valid_smarts。
• 该 cartridge 还暴露了大量额外的描述符和指纹大小 GUC，但此 stub 仅保留最核心的用户入口。